Der Verein „AGAPI“ wurde im Jahr 1989 durch eine Initiative von Eltern, Vormündern und Freunden behinderter Kinder (mentale Retardierung und leichte Behinderungen) gegründet und übernahm somit die Weiterführung des Programms „Bildung für behinderte Kinder“, das in Rethymno seit 1984 vom lokalen Christlichen Verband junger Frauen formlos und auf freiwilliger Basis durchgeführt wurde. Das neue Programm erhielt den Namen „Station für Ganztagsbetreuung, Bildung und Berufsausbildung von behinderten Personen“.
Im Mai 2015 wurde das TAGESZENTRUM „AGAPI“ für die GANZTAGSBETREUUNG behinderter Personen ins Leben gerufen.