Διοικητικά όργανα του Συλλόγου είναι:
α) η Γενική Συνέλευση
β) το Διοικητικό Συμβούλιο
γ) η Εξελεγκτική Επιτροπή
δ) το Επιστημονικό Συμβούλιο
Σε σώμα συνήλθε την Δευτέρα 6 Απριλίου 2015 το διοικητικό συμβούλιο του Συλλόγου «ΑΓΑΠΗ» μετά τις αρχαιρεσίες που πραγματοποιήθηκαν την Δευτέρα 30 Μαρτίου 2015.
Πρόεδρος: Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Κος Ευγένιος.
Αντιπρόεδρος: ο Ιερέας Νικόλαος Νικηφόρος
Γενική Γραμματέας: η κα Ελένη Μοσχονά
Ταμίας: η κα Μαρία Δοκιμάκη-Παλαφούτη
Ως μέλη του διοικητικού συμβουλίου εξελέγησαν οι κυρίες:
Ζωή Φραγιαδάκη, Αγοραστή Μόραλη-Τσουδερού και Ιωάννα Χρυσού.
Εκπρόσωπος της ΠΕ Ρεθύμνης η κα Καλλιόπη Κλάδου-Δουλουμπέκη
Eκπρόσωπος του Δήμου Ρεθύμνης ο κος Γρηγόρης Τσιομπίκας.
Το νέο διοικητικό συμβούλιο του Συλλόγου, το οποίο είναι εννεαμελές θα έχει τετραετή θητεία.